1. Evolutie als basis

Infectieziekten zijn te beschouwen als een aparte groep ziekten van de mens. Steeds gaat het om ziekten die het gevolg zijn van een interactie tussen de mens en een ander biologisch agens: een micro-organisme. Bij een infectieziekte is er sprake van een bepaalde vorm van interactie waarbij schade optreedt voor de mens. Verreweg de meeste interacties tussen mensen en micro-organismen zijn echter niet schadelijk voor de mens. De evolutie van de organismen vindt, in elkaar ten dele overlappende processen, plaats in drie domeinen: Bacteria, Archaea (te beschouwen als een bijzondere groep bacteriën) en Eukarya. Er bestaan verschillende vormen van mutaties en van verwerving van genetisch materiaal, zoals transformatie, conjugatie en transductie, en ook transposons en integronen (bij bacteriën) en recombinatie en herrangschikking (bij virussen) dragen bij aan de genetische flexibiliteit van micro-organismen. Het vaststellen van de verwantschap tussen micro-organismen kan op basis van fenotypische kenmerken maar overheersend zijn de genotypische methoden, met name sequentieanalyse.