Top

Gepubliceerd in:

01-01-2014

Detectie van submicroscopische chromosomale afwijkingen door middel van array-diagnostiek

De meerwaarde en de valkuilen in de prenatale en postnatale diagnostiek

Auteurs: Mw. dr. P.J.G. Zwijnenburg, Mw. dr. P. Lakeman, Dhr. dr. R. Pfundt, Mw. drs. J.S. Klein Wassink-Ruiter, mw. dr. W.S. Kerstjens-Frederikse, mw. prof.dr. C.M.A. van Ravenswaaij-Arts

Gepubliceerd in: Tijdschrift voor Kindergeneeskunde | Uitgave 1/2014

Samenvatting

Array-diagnostiek kan submicroscopische chromosoomafwijkingen vaststellen die voorheen met standaardkaryotypering onopgemerkt bleven. In Nederland is sinds 2008 geleidelijk genoombrede array-diagnostiek eerste keus geworden voor het opsporen van (submicroscopische) chromosoomafwijkingen die de oorzaak zijn van verstandelijke beperking en/of aangeboren afwijkingen. Ook wordt sinds 2012-2013 in de meeste centra op materiaal dat verkregen is bij een vlokkentest of vruchtwaterpunctie, na een eerste sneltest op trisomie 21, 18 en 13, gekozen voor array-diagnostiek wanneer echografische afwijkingen aanleiding geven tot prenatale diagnostiek. Met array-diagnostiek wordt postnataal bij 12-15% van de patiënten met een ontwikkelingsachterstand en prenataal bij 6% van de foetussen met echoafwijkingen alsnog een genetische oorzaak vastgesteld indien eerder conventionele karyotypering normaal was. Naast (zeer waarschijnlijk) pathogene bevindingen passend bij het fenotype van patient of foetus, worden met array-diagnostiek ook ‘unclassified variants’ vastgesteld met onduidelijke pathogeniciteit die, met name in de prenatale setting, de beslissing om de zwangerschap wel of niet te behouden, bemoeilijken en gepaard kunnen gaan met emotionele stress. Ook kunnen pathogene afwijkingen worden gevonden die geen directe relatie hebben met het fenotype maar die informatie over de eigen gezondheid geven en relevant kunnen zijn voor familieleden. Als toevalsbevinding kan bijvoorbeeld een deletie van een kankerpredispositie-gen gevonden worden. Al tijdens de pretest-counseling moet uitgebreide aandacht zijn voor deze mogelijke bevindingen en hun (ongewenste) implicaties. Desondanks kunnen dergelijke uitkomsten de posttest-counseling bemoeilijken. Iedere aanvrager van arraydiagnostiek dient zich bewust te zijn van deze implicaties. Aan de hand van twee prenatale en vier postnatale casus worden de meerwaarde, en ook de beperkingen en valkuilen van array-diagnostiek geïllustreerd.

vorige artikel Editorial

volgende artikel Reikwijdte en betekenis van ciliopathieën in de pediatrische praktijk

Nederlandse Vereniging voor Kindergeneeskunde. Evidence-based richtlijn voor de initiële etiologische diagnostiek bij kinderen met een globale ontwikkelingsachterstand/mentale retardatie. Utrecht: NVK, 2005.

Gezondheidsraad. Prenatale screening: downsyndroom, neuralebuisdefecten, routine-echoscopie. Den Haag: Gezondheidsraad. 2001.

Miller DT, Adam MP, Aradhya S, et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am J Hum Genet. 2010;86:749-64.PubMedCentralPubMedCrossRef

Manning M, Hudgins L; Professional Practice and Guidelines Committee. Array-based technology and recommendations for utilization in medical genetics practice for detection of chromosomal abnormalities. Genet Med. 2010;12:742-5.

Wapner RJ, Martin CL, Levy B, et al. Chromosomal microarray versus karyotyping for prenatal diagnosis. N Eng J Med. 2012;367:2175-84.CrossRef

Kleefstra T, Brunner HG, Amiel J, et al. Loss-offunction mutations in euchromatin histone methyl transferase 1 (EHMT1) cause the 9q34 subtelomeric deletion syndrome. Am J Hum Genet. 2006;79:370-7.PubMedCentralPubMedCrossRef

Koolen DA, Vries BBA de. KANSL1-related intellectual disability syndrome. In: Pagon RA, Adam MP, Bird TD, et al., eds. GeneReviews. University of Seattle, Seattle, 1993.

Girirajan S, Rosenfeld JA, Coe BP, et al. Phenotypic heterogeneity ofgenomic disorders and rare copy-number variants. N Engl J Med. 2012;367:1321-31.PubMedCentralPubMedCrossRef

Rivera-Brugues N, Albrecht B, Wieczorek D, et al. Cohen syndrome diagnosis using whole genome arrays. J Med Genet. 2011;48:136-40.PubMedCrossRef

10.

Warburton D. De novo balanced chromosome rearrangements and extra marker chromosomes identified at prenatal diagnosis: clinical significance and distribution of breakpoints. Am J Hum Genet. 1991;49:995-1013.PubMedCentralPubMed

11.

Feenstra I, Hanemaaijer N, Sikkema-Raddatz B, et al. Balanced into array: genome-wide array analysis in 54 patients with an apparently balanced de novo chromosome rearrangement and a metaanalysis. Eur J Hum Genet. 2011;19:1152-60.PubMedCrossRef

12.

Higgins AW, Alkuraya FS, Bosco AF, et al. Characterization of apparently balanced chromosomal rearrangements from the developmental genome anatomy project. Am J Hum Genet. 2008;82:712-22.PubMedCentralPubMedCrossRef

13.

Conlin LK, Thiel BD, Bonnemann CG, et al. Mechanisms of mosaicism, chimerism and uniparental disomy identified by single nucleotide polymorphism array analysis. Hum Mol Genet. 2010;19:1263-75.PubMedCrossRef

14.

Hook EB. Exclusion of chromosomal mosaicism: tables of 90%, 95% and 99% confidence limits and comments on use. Am J Hum Genet. 1977;29:94-7.PubMedCentralPubMed

15.

Claustres M, Kozich V, Dequeker E, et al. Recommendations for reporting results ofdiagnostic genetic testing (biochemical, cytogenetic and molecular genetic). Eur J Hum Genet. 2013 Aug 14. [Epub ahead of print].

16.

Dondorp WJ, Wert GM de. The ‘thousand-dollar genome’: an ethical exploration. Eur J Hum Genet. 2013;21(Suppl 1):S6-26.PubMedCrossRef

17.

Jong A de, Dondorp WJ, Macville MV, et al. Microarrays as a diagnostic tool in prenatal screening strategies: ethical reflection. Hum Genet. 2013 Sep 28. [Epub ahead of print].

18.

Lo YM, Chan KC, Sun H, et al. Maternal plasma DNA sequencing reveals the genome-wide genetic and mutational profile of the fetus. Sci Transl Med. 2010;2:61ra91.

19.

Michelson DJ, Shevell MI, Sherr EH, et al. Evidence report: Genetic and metabolic testing on children with global developmental delay: report of the Quality Standards Subcommittee of the American Academy of Neurology and the Practice Committee of the Child Neurology Society. Neurology. 2011;77:1629-35.PubMedCrossRef

20.

Schaaf CP, Wiszniewska J, Beaudet AL. Copy number and SNP arrays in clinical diagnostics. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2011;12:25-51.PubMedCrossRef

21.

Tzetis M, Kitsiou-Tzeli S, Frysira H, et al. The clinical utility of molecular karyotyping using highresolution array-comparative genomic hybridization. Expert Rev Mol Diagn. 2012;12:449-57.PubMedCrossRef

22.

Taylor MR, Jirikowic J, Wells C, et al. High prevalence of array comparative genomic hybridization abnormalities in adults with unexplained intellectual disability. Genet Med. 2010;12:32-8.PubMedCrossRef

23.

Mannik K, Parkel S, Palta P, et al. A parallel SNP array study of genomic aberrations associated with mental retardation in patients and general population in Estonia. Eur J Med Genet. 2011; 54:136-43.PubMedCrossRef

24.

Vulto-van Silfhout AT, Hehir-Kwa JY, Bon BW van, et al. Clinical significance of de novo and inherited copy-number variation. Hum Mutat. 2013;34: 1679-87.PubMedCrossRef

25.

Lu XY, Phung MT, Shaw CA, et al. Genomic imbalances in neonates with birth defects: high detection rates by using chromosomal microarray analysis. Pediatrics. 2008;122:1310-8.PubMedCentralPubMedCrossRef

26.

Ming JE, Geiger E, James AC, et al. Rapid detection of submicroscopic chromosomal rearrangements in children with multiple congenital anomalies using high density oligonucleotide arrays. Hum Mutat. 2006;27:467-73.PubMedCrossRef

27.

Giorda R, Bonaglia MC, Beri S, et al. Complex segmental duplications mediate a recurrent dup(X)(p11.22-p11.23) associated with mental retardation, speech delay, and EEG anomalies in males and females. Am J Hum Genet. 2009;85:394-400.PubMedCentralPubMedCrossRef

28.

Wierenga KJ, Jiang Z, Yang AC, et al. A clinical evaluation tool for SNP arrays, especially for autosomal recessive conditions in offspring of consanguineous parents. Gen Med. 2013;15:354-60.

29.

Tesson C, Nawara M, Salih MA, et al. Alteration of fatty-acid-metabolizing enzymes affects mitochondrial form and function in hereditary spastic paraplegia. Am J Hum Genet. 2012;91:1051-64.PubMedCentralPubMedCrossRef

Titel: Detectie van submicroscopische chromosomale afwijkingen door middel van array-diagnostiek
De meerwaarde en de valkuilen in de prenatale en postnatale diagnostiek
Auteurs: Mw. dr. P.J.G. Zwijnenburg
Mw. dr. P. Lakeman
Dhr. dr. R. Pfundt
Mw. drs. J.S. Klein Wassink-Ruiter
mw. dr. W.S. Kerstjens-Frederikse
mw. prof.dr. C.M.A. van Ravenswaaij-Arts
Publicatiedatum: 01-01-2014
Uitgeverij: Bohn Stafleu van Loghum
Gepubliceerd in: Tijdschrift voor Kindergeneeskunde / Uitgave 1/2014
Print ISSN: 0376-7442
Elektronisch ISSN: 1875-6840
DOI: https://doi.org/10.1007/s12456-014-0002-1

Bohn Stafleu van Loghum

Deel dit onderdeel of sectie (kopieer de link)

Samenvatting

Log in om toegang te krijgen

Andere artikelen Uitgave 1/2014

Genetische oorzaken van kleine lengte

Een syndroomdiagnose en dan?

Bij prematuur geboren kinderen bij gebruik NIPPV versus CPAP geen gunstig effect op incidentie BPD, (her)intubatie of overlijden aangetoond

boekbespreking

Exoom-sequencing in de diagnostiek van ontwikkelingsachterstand/verstandelijke beperking

Editorial