Neurologische aandoeningen bij neonaten kunnen verworven zijn doordat beschadiging optreedt van het zich ontwikkelende zenuwstelsel door complicaties bij de partus, bij prematuriteit of door bijvoorbeeld infecties. Ook aangeboren afwijkingen zoals neurogenetische aandoeningen of intra-uterien ontstane beschadiging kunnen zich presenteren op neonatale leeftijd, zowel klinisch als op beeldvorming.
Er zijn aandoeningen die specifiek bij neonaten voorkomen, zoals perinatale asfyxie, periventriculaire leukomalacie en Erbse parese. Symptomen van bijvoorbeeld cerebrale aanlegstoornissen en metabole ziekten kunnen zich op de neonatale leeftijd presenteren. De presentatie van algemeen voorkomende aandoeningen, zoals epilepsie, kan bij neonaten verschillen van die bij oudere kinderen. In de neonatale periode zijn er naast de reguliere mogelijkheden voor aanvullend onderzoek een aantal specifieke onderzoeken mogelijk, zoals echografie van de hersenen en amplitude-geïntegreerd EEG (aEEG).