Tot de onderste luchtwegen behoren alle onderdelen van de luchtwegen en de longen onder de stembanden (trachea, bronchi en bronchioli). Onder normale omstandigheden zijn de onderste luchtwegen vrij van micro-organismen. Deze situatie wordt gehandhaafd door de continue activiteit van de trilharen, die zorgen voor eliminatie van de partikels. De deeltjes die toch in de alveoli terechtkomen, worden door de macrofagen gefagocyteerd en verwijderd. Ontstaat er toch een ontsteking, dan vindt vanuit de bloedbaan toestroom plaats van granulocyten en lymfocyten om pathogenen te verwijderen. Daarnaast bevatten de luchtwegen nog een aantal eiwitten die de gastheer beschermen tegen kolonisatie. Bij patiënten met chronische obstructieve longaandoeningen (COPD) treedt vernauwing en deformatie van de luchtwegen op, wat kan leiden tot een lokale afvloedbelemmering en kolonisatie met micro-organismen. Andere veel geziene aandoeningen zijn (acute) bronchitis, longontsteking (pneumonie), kinkhoest en tuberculose. Ook zijn er zeldzame aandoeningen zoals mucoviscidose (taaislijmziekte/cystische fibrose), het immotieleciliasyndroom en hypo- of agammaglobulinemie die predisponeren tot luchtweginfecties.
