Naast de benodigde voedingsstoffen bevat moedermelk een zeer breed scala aan bioactieve factoren die van groot belang zijn voor het bevorderen van de gezondheid van het kind en het beschermen tegen een groot aantal infecties en ziekten. Voor atopisch eczeem, allergie en acute middenoorontsteking is een beschermend effect van borstvoeding overtuigend aangetoond. De risicoreductie bedraagt steeds enkele tientallen procenten, tot 50% bij herhaalde middenoorontsteking. Voor een groot aantal ziekte-uitkomsten zijn er mogelijk gunstige effecten te verwachten op grond van biologische werkingsmechanismen, maar is het epidemiologisch bewijs (nog) niet sluitend. Dit geldt voor voedselovergevoeligheid, coeliakie, infecties (diarree, necrotiserende enterocolitis, neonatale sepsis en meningitis, luchtweginfecties, urineweginfecties, appendicitis), wiegendood, auto-immuunziekten en juveniele diabetes.
