Bij een auto-immuunziekte worden antistoffen schadelijk voor het eigen lichaam, met als gevolg ontsteking en eventueel beschadiging, verlittekening en functieverlies. Auto-immuunziekten verlopen vaak in exacerbaties en remissies, maar zijn soms progressief. De diagnose kan moeilijk zijn. In de behandeling zijn afweerremmende medicijnen vaak heel belangrijk. Voorbeelden van auto-immuunziekten zijn: psoriasis, reumatoïde artritis, multipele sclerose, ziekte van Crohn/colitis ulcerosa, hyper- of hypothyreoïdie, glomerulonefritis, pernicieuze anemie, SLE.
