Bij zowel het ontstaan van auto-immuunziekten als bij het ontstaan van kwaadaardige aandoeningen speelt het afweersysteem een belangrijke rol. Bij auto-immuunziekten reageert het te heftig en bij kwaadaardige aandoeningen niet heftig genoeg. Bij auto-immuunziekten worden door een te heftige reactie delen van het eigen lichaam aangevallen door de eigen afweer. Bij kwaadaardige aandoeningen is het de afweer niet gelukt om ongeremd delende cellen uit te schakelen. Er bestaan heel veel verschillende auto-immuunziekten en vormen van kanker. Bij de behandeling zijn er, naast vele verschillen, echter ook veel gemeenschappelijke elementen te noemen. Over deze gemeenschappelijke kenmerken gaat het in dit hoofdstuk.